Pokémon Link, c'est un peu Tétris ŕ la Pokémon. Le but du jeu est de sauver les Pokémon dérobés par la Team Phobos. Vous pourrez, pour les sauver, utiliser un Link Chance, qui vous permettra d'aligner pendant quelques secondes des Pokéballs pour transférer ensuite les Pokémon dans ces objets ŕ votre base.
Au fur et ŕ mesure que vous avancez dans le jeu, la carte du monde révčlera de nouveaux lieux dans lesquels sont dispersés différents membres des Phobos.
Quand vous alignez un Pokémon, il s'ajoute automatiquement dans votre Pokédex. Une petite astuce consiste ŕ utiliser un Métamorph pour remplacer n'importe quel Pokémon et ensuite le capturer.
Pour les Pokémon qu'il vous manque, vous pouvez utiliser le Wi-Fi avec un amoi pour vous échanger vos cartes d'agents et découvrir oů se cachent les Pokémon qu'ils vous manque.